Le corps abrite des millions de gènes encore inconnus
Publié par hammar le Août 25 2009 11:05:56
Les laboratoires de séquençage ont commencé à dresser le catalogue des gènes de toutes les bactéries présentes dans l'organisme humain...

Nouvelles étendues

Les laboratoires de séquençage ont commencé à dresser le catalogue des gènes de toutes les bactéries présentes dans l'organisme humain.

Après le génome humain au début des années 2000, les plus gros laboratoires de séquençage de la planète ont commencé à dresser le catalogue des gènes de toutes les bactéries présentes dans l'organisme hu­main. Ce travail énorme devrait permettre de connaître le rôle que ces milliards de micro-organismes jouent dans la santé ou le développement de certaines maladies.

C'est ainsi, par exemple, qu'une meilleure connaissance de ce qu'on appelle communément la flore intestinale pourrait déboucher sur de nouvelles stratégies thérapeutiques privilégiant notamment la prévention par le biais de la nutrition. Le défi est considérable. On estime, en effet, que le nombre de bactéries qu'un individu héberge dans sa bouche, sa peau, son estomac et ses intestins est dix à cent fois plus important que ses propres cellules. «L'homme est, selon l'estimation la plus basse, constitué à 90 % de bactéries», indique La Recherche en mai 2009. Les perspectives thérapeutiques sont réelles, notamment en matière d'obésité : une expérience récente a montré qu'on pouvait faire grossir des souris rien qu'en leur implantant des bactéries présentes à l'intérieur de l'intestin de souris obèses.


La plupart de ces micro-organismes sont encore inconnus à ce jour parce qu'il est impossible de les cultiver en laboratoire et donc de les étudier. En effet, ils sont anaérobies et meurent dès qu'ils sont en présence d'oxygène. C'est le cas notamment de beaucoup de bactéries de l'intestin relâchées dans les selles.

Métagénomique

Mais depuis quelques années, la génétique permet de contourner cette difficulté. Au lieu de chercher à identifier les espèces microbiennes, les scientifiques ont la possibilité de connaître les fonctions de gènes inconnus en les clonant et ils peuvent aussi dresser en vrac un inventaire des séquences génétiques des micro-organismes présents. C'est ce qu'on appelle la métagénomique.

Notre vision de l'homme mais aussi du monde vivant qui sortira de ces catalogues pourrait changer. Les projets ne se limitent pas à l'homme. Dernièrement, le Génoscope a décidé de séquencer le génome d'un échantillon des espèces bactériennes présentes dans les bassins de la station d'épuration d'Evry. «On connaît encore peut-être moins de 1 % de tous les microbes», confiait récemment au Figaro Jean Weissenbach, responsable du Centre national du séquençage d'Evry.

Pour caractériser ce qu'on appelle dans le jargon scientifique le microbiome humain et comprendre son rôle et son action, les scientifiques se sont rassemblés au sein de quelques grands programmes internationaux. Le projet MetaHIT européen s'est focalisé sur les microbes intestinaux tandis que les Américains ont choisi de s'intéresser à tous les organes où les bactéries sont omniprésentes : la bouche, l'estomac, la peau, le vagin. Le projet français baptisé MicroObes étudie le lien entre l'obésité, l'alimentation et les bactéries intestinales. En octobre 2008, l'ensemble des programmes lancés dans le monde se sont fédérés en une entité : le con­sortium international du microbiome humain (IHMC). Moins médiatisé que le programme de décryptage du génome humain, les retombées de l'IHMC ne de­vraient pourtant pas se faire attendre.


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